Ο πιο συνηθισμένος τύπος κύστης ωοθήκης είναι οι λειτουργικές κύστες. Αυτές αναπτύσσονται από τον ιστό ο οποίος υποβάλλεται σε συχνές αλλαγές εξαιτίας της διαδικασίας της ωορρηξίας κάθε μήνα. Υπάρχουν δύο τύποι λειτουργικών κυστών, οι ωοθηλακικές κύστεςκαι οι κύστες του ωχρού σωματίου. Και οι δύο τύποι αυτών των κυστών συνήθως δεν παρουσιάζουν συμπτώματα ή δίνουν πολύ ήπια συμπτώματα όταν εμφανιστούν. Συνήθως εξαφανίζονται σε διάστημα μερικών μηνών.