Τα ενδομητριώματα είναι κύστες οι οποίες σχηματίζονται απο ιστό παρόμοιο μ’ αυτό τον ιστό του ενδομητρίου που όμως μεγαλώνει μέσα στις ωοθήκες. Όπως συμβαίνει με τον ιστό του ενδομητρίου, έτσι και αυτός ο ιστός που βρίσκεται στις ωοθήκες ανταποκρίνεται στις επιδράσεις των ορμονών κάθε μήνα. Αυτό έχει σαν συνέπεια κάθε μήνα να σχηματίζονται μικρές αιμορραγίες μέσα στην κύστη που οδηγούν στο σχηματισμό κύστης που μεγαλώνει και περιέχει πηγμένο αίμα. Το ενδομητρίωμα συχνά ονομάζεται και σοκολατοειδής κύστηγιατί το υγρό που περιέχει μοιάζει με παχύρευστη σοκολάτα. Το ενδομητρίωμα συχνά είναι μέρος του προβλήματος της ενδομητρίωσης που αναλύεται αλλού. Μπορεί να προκαλεί πόνο είτε κατά τη διάρκεια της περιόδου ή κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής επαφής.