Τα κλασικά συμπτώματα της ενδομητρίωσης είναι επώδυνες περίοδοι, επώδυνες σεξουαλικές επαφές και στειρότητα. Αλλά και άλλα συμπτώματα που είναι κοινά με άλλες παθήσεις της γυναίκας μπορούν επίσης να είναι παρόντα. Αυτά τα συμπτώματα μπορεί να σχετίζονται με: πόνο (επώδυνες περίοδοι, έναρξη του πόνου πριν από την περίοδο, πόνο κατά τη διάρκεια ή μετά τη σεξουαλική επαφή, πόνο της ωορρηξίας, πόνος κατά την γυναικολογική εξέταση), αιμορραγία(βαριές περιόδους με ή χωρίς θρόμβους, παρατεταμένη αιμορραγία, κηλίδες αίματος πριν την περίοδο, ανωμαλίες περιόδου, απώλεια σκούρου ή παλιού αίματος πριν από μια περίοδο ή στο τέλος της περιόδου), συμπτώματα του εντέρου και της ουροδόχου κύστης(επώδυνη κένωση, πόνο πριν ή μετά την αφόδευση, αιμορραγία από το έντερο, πόνο κατά την ούρηση, πόνο πριν ή μετά τη διέλευση των ούρων) και άλλα συμπτώματα (λήθαργος, υπερβολική κούραση).
Η πλειοψηφία των γυναικών με ενδομητρίωση θα παρουσιάσει κάποια στιγμή κάποια από αυτά τα συμπτώματα. Μερικές γυναίκες με ενδομητρίωση δεν θα έχουν καθόλου συμπτώματα. Η έκταση της ενδομητρίωσης δεν αντιστοιχεί πάντα με την ένταση του πόνου και της δυσφορίας. Σοκολατοειδείς κύστες στην ωοθήκη μπορεί να είναι ανώδυνες και να ανακαλυφθούν μόνο ως μέρος των ερευνών για τη γονιμότητα. Μια μικρή εστία ενδομητρίωση μπορεί να είναι πιο επώδυνη από εκτεταμένη ενδομητρίωση. Εξαρτάται, σε μεγάλο βαθμό, στην εντόπιση των εναποθέσεων του ενδομητρίου. Όλα τα παραπάνω συμπτώματα μπορεί να έχουν και άλλες αιτίες. Είναι σημαντικό οι γυναίκες να αναζητήσουν ιατρική συμβουλή για να διευκρινιστεί η αιτία της τυχόν συμπτωμάτων. Εάν τα συμπτώματα αλλάξουν, μετά τη διάγνωση, είναι σημαντικό να συζητηθούν αυτές οι αλλαγές με ένα γιατρό. Είναι εύκολο να αποδοθούν όλα τα συμπτώματα στην ενδομητρίωση ωστόσο δεν μπορεί να είναι πάντα αυτός ο λόγος.