Η πιο ευρέως αποδεκτή θεωρία είναι η ανάστροφη ροή του αίματος της περιόδου. Σύμφωνα με αυτή τη θεωρία μερική ποσότητα του αίματος της περιόδου ρέει προς τα πίσω μέσα από τις σάλπιγγες και μέσα στην πύελο. Μερικά από τα κύτταρα του ενδομητρίου, που περιέχονται στο αίμα της περιόδου εμφυτευεται στα αναπαραγωγικά όργανα ή σε άλλες περιοχές στην πύελο. Αυτά τα εμφυτευμένα κύτταρα προκαλούν ενδομητρίωση. Αυτό που δεν είναι γνωστό είναι γιατί αυτά τα ενδομήτρια κύτταρα εμφυτεύονται σε ορισμένες γυναίκες και όχι σε άλλες.
Άλλες θεωρίες είναι οι εξής:
- Λεμφική ή κυκλοφορική εξάπλωση
- Γενετική προδιάθεση ως προς την ενδομητρίωση
- Δυσλειτουργία του ανοσοποιητικού
- Περιβαλλοντικές αιτίες – όπως έκθεση σε διοξίνες