Η θεραπεία για την ενδομητρίωση εξαρτάται από τα συμπτώματαπου βιώνει μια γυναίκα και αν θέλει να κάνει άμεσα παιδιά. Μπορεί να αντιμετωπιστεί άμεσα με φαρμακευτική αγωγή, χειρουργείο, ή και τα δύο. Η θεραπεία που θα επιλεγεί για μια γυναίκα θα πρέπει να αποφασιστεί σε συνενόηση ανάμεσα σε εκείνη και το γιατρό της.
Οι εκτιμήσεις για το τι είδους θεραπεία θα πρέπει να αποφασισθεί, εξαρτάται από διάφορους παράγοντες, όπως:
- Ηλικία
- Η σοβαρότητα των συμπτωμάτων
- Η επιθυμία να αποκτήσουν παιδιά
- Η σοβαρότητα της νόσου.
Παρόλο που τα συμπτώματα της ενδομητρίωσης μπορεί να επανέλθουν, η θεραπεία μπορεί να ανακουφίσει τον πόνο για μια στιγμή.