Το ενδομήτριο είναι ο ιστός που επενδύει την εσωτερική επιφάνεια της μήτρας. Κατά τη διάρκεια του έμμηνου κύκλου, το πάχος του ενδομητρίου αυξάνεται για να προετοιμαστεί για την εμφύτευση του γονιμοποιημένου ωαρίου. Αν η εγκυμοσύνη δεν συμβεί τότε το ενδομήτριο αποβάλλεται ως «περίοδος».
Η ενδομητρίωση είναι μια κατάσταση όπου τα κύτταρα που επενδύουν την εσωτερική επιφάνεια της μήτρας βρίσκονται επίσης σε άλλες περιοχές του σώματος, αλλά συνήθως εντός της πυέλου. Κάθε μήνα ο ιστός αυτός που βρίσκεται έξω από τη μήτρα, κάτω από τον φυσιολογικό ορμονικό έλεγχο της γυναίκας, υπερπλάσεται και στη συνέχεια αποδομείται και αιμορραγεί με τον ίδιο τρόπο όπως και το ενδομήτριο της μήτρας. Αυτή η εσωτερική αιμορραγία μέσα στην πύελο, σε αντίθεση με την περίοδο, δεν έχει τρόπο να φύγει από το σώμα. Αυτό οδηγεί σε φλεγμονή, τον πόνο και το σχηματισμό ουλώδους ιστού.
Ιστός ενδομητρίου μπορεί επίσης να βρεθεί στην ωοθήκη, όπου μπορεί να σχηματίσει κύστες, που ονομάζονται «σοκολατοειδείς» κύστες. Εναποθέματα ενδομητρίου μπορεί επίσης να βρεθούν λιγότερο συχνά σε πιο απομακρυσμένες περιοχές από την πύελο. Η ενδομητρίωση μπορεί να βρεθεί μέσα ή πάνω στο έντερο, εντός ή πάνω στην ουροδόχο κύστη, σε ουλές μετά από επεμβάσεις και εξαιρετικά σπάνια, ακόμη και στους πνεύμονες. Είναι επίσης δυνατόν να έχουμε ενδομήτριο ιστό που να αναπτύσσεται στο μυϊκό στρώμα του τοιχώματος της μήτρας. Αυτό ονομάζεται αδενομύωση. Κάθε μήνα ο ιστός εντός του μυϊκού τοιχώματος αιμορραγεί με τον ίδιο τρόπο όπως ο ενδομήτριος ιστός στην πύελο αιμορραγεί. Η Αδενομύωση μπορεί επίσης να βρεθεί στο μυϊκό στρώμα του περινέου – στο Δουγλάσσειο χώρο ή αλλοιώς στο cul de sac. Πρέπει να είναι σαφές ότι η ενδομητρίωση δεν είναι λοίμωξη, δεν είναι μεταδοτική και δεν είναι καρκίνος.