Χειρουργική επέμβαση μπορεί να εκτελεστεί για να απομακρυνθεί η ενδομητρίωση και ο ουλώδης ιστός που έχει δημιουργηθεί γύρω από αυτό. Οι ωοθήκες και οι σάλπιγγες που δεν έχουν επηρεαστεί από τη νόσο διατηρούνται ανέπαφες όσο το δυνατόν για να αυξηθούν οι πιθανότητες εγκυμοσύνης αργότερα. Η χειρουργική αντιμετώπιση πραγματοποιείται συνήθως με λαπαροσκόπηση. Η λαπαροσκόπηση έχει πολλά πλεονεκτήματα σε σχέση με την ανοικτή χειρουργική επέμβαση. Απαιτεί μια συντομότερη παραμονή στο νοσοκομείο, πολύ μικρές τομές και μικρότερο χρόνο αποκατάστασης. Η χειρουργική επέμβαση είναι συχνά επιτυχής, τόσο για τη θεραπεία του πόνου όσο και της στειρότητας, αλλά τα συμπτώματα της ενδομητρίωσης μπορεί να επιστρέψουν.
Πολλοί ασθενείς υποβάλλονται τόσο σε χειρουργική θεραπεία όσο και φαρμακευτική για να επιτευχθεί μείωση της πιθανότητας υποτροπής. Δεν είναι όλες οι περιπτώσεις ενδομητρίωσης που απαιτούν χειρουργική επέμβαση κατάλληλες να αντιμετωπιστούν με λαπαροσκόπηση. Μπορεί να χρειάζεται κάποιες φορές λαπαροτομία (ανοικτό χειρουργείο μέσω μιας τομής στην κοιλιά). Όταν ο πόνος είναι ανυπόφορος και δεν υποχωρεί μετά από θεραπεία και η γυναίκα έχει ολοκληρώσει την οικογένεια της, μπορεί να έχει ένδειξη μια πιο εκτεταμένη χειρουργική επέμβαση. Σε αυτή την περίπτωση, η μήτρα, οι σάλπιγγες και οι ωοθήκες αφαιρούνται. Εάν οι ωοθήκες παραμείνουν στη θέση τους, τότε η πιθανότητα της υποτροπής της νόσου αυξάνεται και τότε μερικές γυναίκες θα χρειαστούν περαιτέρω επέμβαση για την αφαίρεση των ωοθηκών σε μεταγενέστερη ημερομηνία. Μιά τέτοια ριζική χειρουργική επέμβαση θα πρέπει να είναι η θεραπεία «έσχατη λύση» και δεν προβλέπεται έως ότου όλες οι άλλες θεραπείες έχουν δοκιμαστεί ή να αποκλειστεί.
Συμπληρωματικές θεραπείες
Οι επιλογές περιλαμβάνουν βελονισμό, αρωματοθεραπεία, κινέζικα και δυτικά βότανα, ομοιοπαθητική,διατροφή, ρεφλεξολογία, Reiki και οστεοπαθητική. Δεν υπάρχουν κλινικές δοκιμές που να εξετάζεται η αποτελεσματικότητα των συμπληρωματικών θεραπειών, όπως στη συγκεκριμένη περίπτωση για την ενδομητρίωση. Ωστόσο, πολλές γυναίκες έχουν βελτίωση των συμπτωμάτων τους χρησιμοποιώντας τέτοιες θεραπείες. Είναι ίσως συνετό να ζητήσει κανείς βοήθεια από έναν καταρτισμένο επαγγελματία και όχι να δοκιμάζει θεραπείες μόνος του.